Taman Nasional Karimunjawa merupakan gugusan 27 buah pulau yang memiliki tipe ekosistem hutan hujan dataran rendah, padang lamun, algae, hutan pantai, hutan mangrove, dan terumbu karang.

Tumbuhan yang menjadi ciri khas Taman Nasional Karimunjawa yaitu dewodaru (Crystocalyx macrophyla) yang terdapat pada hutan hujan dataran rendah. Kelompok algae yang dapat dijumpai terdiri dari tiga kelompok yaitu algae hijau, algae coklat, dan algae merah. Hutan pantai dan hutan mangrove dicirikan dengan adanya ketapang (Terminalia cattapa), cemara laut (Casuarina equisetifolia), jati pasir (Scaerota frustescens), setigi (Strebus asper), waru laut (Hibiscus tiliaceus), dan bakau hitam (Rhizophora mucronata).

Jenis terumbu karang di Taman Nasional Karimunjawa merupakan terumbu karang pantai/tepi (fringing reef), terumbu karang penghalang (barrier reef) dan beberapa taka (patch reef). Kekayaan jenisnya mencapai 51 genus, lebih dari 90 jenis karang keras dan 242 jenis ikan hias. Dua jenis biota yang dilindungi yaitu akar bahar/karang hitam (Antiphates spp.) dan karang merah (Tubipora musica).

Biota laut lainnya yang dilindungi seperti kepala kambing (Cassis cornuta), triton terompet (Charonia tritonis), nautilus berongga (Nautilus pompillius), batu laga (Turbo marmoratus), dan 6 jenis kima.

Keanekaragaman satwa darat di taman nasional ini tidak terlalu tinggi dibandingkan dengan satwa perairan. Satwa darat yang umum dijumpai antara lain rusa (Cervus timorensis subspec), kera ekor panjang (Macaca fascicularis karimondjawae); 40 jenis burung seperti pergam hijau (Ducula aenea), elang laut perut putih (Haliaeetus leucogaster), trocokan/merbah cerukcuk (Pycnonotus goiavier), betet (Psittacula alexandri), penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), dan ular edhor. Burung elang laut perut putih merupakan satwa yang terancam punah di dunia.

Di sekitar Pulau Kemujan terdapat bangkai kapal Panama INDONO yang tenggelam pada tahun 1955, dimana pada saat ini menjadi habitat ikan karang dan cocok untuk lokasi penyelaman (wreck diving).

Nama Karimunjawa berasal dari zaman Sunan Muria yaitu salah satu tokoh penyebar Agama Islam. Sunan Muria melihat pulau-pulau di Karimunjawa sangat samar dari Pulau Jawa (kremun-kremun soko Jowo). Peninggalan-peninggalan Sunan Nyamplungan/Amir Hasan (anak dari Sunan Muria) seperti ikan lele (Clarias meladerma) tanpa patil, makam Nyamplungan, kayu dewodaru, sentigi, kalimosodo, dan ular edhor, dikeramatkan oleh penduduk Karimunjawa.
Beberapa lokasi/obyek yang menarik untuk dikunjungi:
Pulau Menjangan Kecil, Menjangan Besar, Tanjung Gelam, Legon Lele, Genting, Kembar, Parang, Cemara dan Krakal. Wisata bahari seperti berlayar, selancar air, ski air, berenang, berjemur di pantai pasir putih, berkemah, wisata budaya, pengamatan rusa dan burung serta menyelam/snorkeling. Paket wisata untuk mengunjungi pulau-pulau tersebut dapat menghubungi biro perjalanan di Semarang/Jepara (tour satu sampai dengan tujuh hari).

Atraksi budaya di luar taman nasional yaitu Festival Durian dan Lomban pada bulan Januari/Maret di Jepara.

Musim kunjungan terbaik: bulan April s/d Oktober setiap tahunnya.

Cara pencapaian lokasi: Semarang-Jepara menggunakan bis selama 1,5 jam, Jepara (Pelabuhan Kartini) menuju Karimunjawa dengan naik Fery/kapal motor dengan lama perjalanan ± 6 jam, dan hanya ada satu kali dalam seminggu (Senin). Dari Semarang (Bandara Achmad Yani) menuju Pulau Kemujan (Bandar Dewodaru) dengan pesawat udara, sekali dalam seminggu (untuk sementara jalur penerbangan tersebut tidak diaktifkan).

Kantor : Jl. Menteri Supeno I No. 2 Semarang 50241, Jawa Tengah Telp. (024) 8319709 E-mail : btnjawa@indosat.net.id

Dinyatakan ---- Ditunjuk Menteri Kehutanan , SK No. 185/Kpts-II/97 dengan luas 111.625 hektar Ditetapkan Menteri Kehutanan, SK No. 74/Kpts-II/2001 dengan luas 110.117,3 hektar Letak Kabupaten Jepara, Provinsi Jawa Tengah Temperatur udara 23° - 32° C Ketinggian tempat 0 - 605 meter dpl Letak geografis 5°42’ - 6°00’ LS, 110°07’ - 110°37’ BT